В соответствии с внесенными изменениями Верховный Суд РФ включает в себя следующие структурные подразделения: Президиум, Пленум, Апелляционную коллегию, а так же Судебные коллегии по уголовным, гражданским и административным делам и Военную коллегию. Регламентом определяются полномочия и порядок формирования Пленума, Научно-консультативного совета, Президиума.
  Кроме того, регламентирована работа Аппарата Верховного Суда. Апелляционная коллегия имеет в своем составе председателя и членов коллегии, которые являются судьями Верховного суда РФ, изначально кандидатуры которых предлагает Председатель ВС РФ, к такой кандидатуре должно быть приложено положительное заключение Высшей квалификационной коллегии судей РФ. Далее кандидатура рассматривается Президентом РФ и представляется Совету Федерации РФ. Данная коллегия в качестве апелляционной инстанции рассматривает гражданские и административные дела, решения по которым были вынесены судом первой инстанции  — Судебными коллегиями по гражданским и административным делам. До 1 января 2012 г. функции Апелляционной коллегии будет выполнять Кассационная коллегия Верховного суда РФ. Военной же коллегией Верховного суда рассматриваются дела в пределах своих полномочий по новым и вновь открывшимся обстоятельствам и прочие.